与其他的介质栽培一样，要使水培的花卉正常生长发育，施肥是十分重要的一项工作。虽然自来水中含有一定数量的矿物质元素，但远远不能满足花卉生长的需求。为了保证水培花卉的良好生长，必须及时的按照花卉的生长发育补给营养，按时施肥。
水培花卉的施肥时要严格控制施肥的浓度。用培养土栽培的时候，因为土壤颗粒的表面能吸附一定数量的营养元素，多余的养分还可以通过浇水从盆底的排水孔流失，所以对施肥的浓度起一定的缓冲作用。但水培花卉的施肥则不同，因为所施入的营养元素全部溶解在水中，当浓度达到一定数量的时候，即会对花卉的生长产生肥害，从而影响花卉的生长，甚至导致整个植株的死亡。
水培花卉的施肥，应施入专门用于无土栽培的营养液。无土栽培营养液是根据花卉所需要养分比例、浓度、和酸度配制而成，除了含植物需要的大量元素外，还有其他的微量元素。
使用营养液时，应严格按照说明书上的要求，特别要注意把握适宜的浓度，切勿盲目施入，以免施肥过多引起肥害。
为了保证营养液的使用效果，购买的营养液要放置在暗处和低温处。储藏和使用营养液时要注意忌用金属的容器，如果用金属的容器会使金属容器的金属离子析出而渗入营养液，从而使水培花卉出现某种元素的过量中毒。
由于营养液配制的要求较高，一般的花卉爱好者不宜盲目的配制，如果盲目的将化肥施入水中，可能会对花卉产生不良的后果。如果用尿素做营养时，由于尿素是一种人工合成的有机肥料，而水培又属于无菌或少菌状态的栽培，所以花卉不但不能吸收所需要的营养元素，而且会使一些有害的细菌和其他的微生物从尿素中得到有效的碳源而迅速生长，从而引起污染，而且对多数植物而言尿素还会带来氨气侵害或氨根离子过剩危害，从而使花卉中毒。
不同的花卉对肥料的浓度适应性是不一样的，一般来说，合果芋、迷你龟背竹、红宝石喜林芋、等花卉比较耐肥，施肥可以适当的浓些；根系纤细的花卉如：四海波、鸭跖草类，秋海棠类、彩叶草等的耐肥能力较差，施肥应淡一些。同时不同花卉对肥料营养元素的要求也不同。一般来讲，观叶类植物应以氮肥为主，辅以磷钾肥；观花类植物特别是在其花芽分化及花蕾发育阶段，则应施磷钾肥为主，辅以氮肥。叶面有彩色条纹的植株，在磷钾肥多时，能是色彩更加艳丽。
水培花卉的施肥还要根据植物生长势的强弱来决定施用浓度，一般来讲生长势强的植株的耐肥性强一些，施肥的浓度可以相对的浓些，反而宜淡之。室内水培花卉在营养不良是应停止施肥或者降低施肥的浓度，以免造成肥害。
水培花卉的施肥应在植物生长旺盛的春秋季节进行，冬天大多数的植物已经进入休眠期，由于其生长活动十分的微弱，一般不宜施肥。夏季高温季节花卉对肥料的适应性降低，特别是忌酷暑的花卉以进入半休眠的状态，所以要停止施用肥料。如果在夏季出现营养不良而影响生长时，可在叶面喷施0。1%的尿素溶液，以弥补根部吸收养分的不足。
如施肥后出现肥害，枝叶会变的柔弱而无精神，叶面失去光泽，同时根系腐烂发臭。一旦出现以上情况应及时剪去烂根，换上清水并放在阴暗处养。以后应天天换水一次，并检查花卉的根部，及时剪去出现的烂根。直到重新萌发成新根后，才能转入正常的养护。
