6年来，项目组共获国家技术发明专利授权3项，育成优良新品种86个，获授权34个，其中包括月季新品种‘蜜糖’在内的14个品种获国家新品种权，‘云红2号’、‘秋日’、‘星云’等品种分别在欧盟和日本获得授权，云南省新品种登记17个。新品种申报和授权数量均占全国同类鲜切花的44%。
6年来，项目组补充收集月季、百合、康乃馨、非洲菊和菊花5种主要切花675个栽培品种及野生种（变种或变型），保存份数超过5万份，建成国内5类花卉种质资源的大规模保存中心，为资源利用和亲本选配提供重要理论依据。项目组通过全面解析了80份重要种质资源的核型，在国际上首次报道“云南特有野生蔷薇种‘中甸刺玫’十倍体”等，从资源中成功克隆月季花香相关基因RhMYB1和抗白粉病相关基因RmMLO，此外还突破了5类花卉育种关键技术难题，构建起配套性及系统性强的育种技术体系。创新形成的百合分段式胚培养结合后代ISSR标记早期鉴定技术使育种周期从传统的11年缩短至5年；创制出康乃馨高育性亲本使其杂交效率平均提高了25倍，显著缩短了育种周期；通过组配3913个杂交组合采收杂交种子111.7万粒，培育杂交种子苗45.45万苗。创制出“四倍体”大花型非洲菊，“无侧芽”菊花，特异花型或花香、抗病、无花粉、耐低温等优异种质1112个。
项目支撑了云南锦苑花卉产业股份有限公司、云南丽都花卉发展有限公司等4家企业及昆明虹之华园艺有限公司和云南云科花卉有限公司2家企业成为“国家高技术产业化示范企业”及“国家高新技术企业”，与企业形成“共享”联动机制，辐射带动新品种在国内主栽区及日本、越南、马来西亚等国规模化应用，并得到了国内外同行的高度评价，成果筛选或培育的新品种及技术覆盖80%的云南鲜切花种植区，培育的新品种在国内外进行了规模化应用，取得显著的经济及社会效益。仅2009年至2011年就累计生产切花139.3亿枝，新增产值17.19亿元，新增利润5.29亿元。
