虽然大雨来临前种植户大多已把大棚的薄膜盖好，但由于绝大多数的种植户大棚底部的塑料薄膜埋得不够深，雨水还是通过土壤渗透进大棚，最终使得棚内积水严重。另外，一些种植户在搭建大棚的山墙时，采用的是两排砖中间夹一层土的方法。雨水进入山墙中使得土壤膨胀，导致山墙崩裂，进而引起大棚部分垮塌，也给一些农户造成了巨大损失。
此次大雨也暴露出农户生产中存在的问题。在大兴长子营镇的花卉种植区，农户大棚周围的排水沟渠长时间没有清理，堵塞严重，降雨量大的时候排水困难。该镇罗庄村的花卉种植大棚的排水渠里不仅长满杂草，还有废旧的营养钵等杂物，经常会造成渠道堵塞。另外，由于种植习惯问题，种植户以前曾就地取土来种植花卉，这就造成棚内地面比棚外地面低很多，虽然雨水没有直接淋入大棚，但还是通过周边区域渗入棚中，而且由于棚内地面低，在雨停后，棚内积水很难自动排出。记者在长子营镇看到，不少种植户的大棚入口还有垒土阻挡雨水从棚门进入的痕迹，一些种植户的大棚内还有少许积水。
此外，农户对于防雨的准备也明显不足。不少种植户家中并没有配备小型抽水设备，只能眼看着雨水漫过花卉，等第二天天晴后才能去采购抽水机抽水，因此一些种植户的花卉损失比例超过50%。但也有些种植户损失很小，原因在于他们的棚外都有比较通畅的排水沟，而且雨水进棚后一直在用泵抽水，避免水面高度超过营养钵。
由于暴雨过后北京立刻进入高温天气，因此不少种植户的大棚内已经有细菌性病害爆发的迹象。北京市花木公司销售主管林小飞告诉记者，在草花生产过程中，生产者很怕暴雨过后气温急剧升高或者连续阴天，而此次暴雨过后恰好第二天就是高温晴天，因此他们也短信通知种植户在清理完毕棚内积水后，要立刻浇一遍清水，将花卉叶片上的泥土冲洗干净，避免晴天后灼伤叶片，然后迅速喷施杀菌类的药物。
在记者走访过程中，不少种植户种植的孔雀草、一串红等花卉恢复情况比较乐观，但矮牵牛的情况则比较糟糕。由于矮牵牛不耐雨水，加之不少种植户种植的矮牵牛是为国庆市场做准备，都还处于小苗期，有些甚至是刚刚发芽的状态，被水淹后很难恢复。因此，许多种植户都在第一时间向北京花木公司等种苗企业打听是否有多余的矮牵牛种苗供应，鉴于每年国庆市场矮牵牛需求量巨大，因此后期矮牵牛成品价格有可能上涨。
