1、灰霉病
灰霉病是世界上牡丹的重要病害之一，在我国也时有发生，上海、郑州等地较严重。该病在牡丹的生长季节均可发生，对幼嫩植株危害严重，引起幼苗的倒伏、枯萎。
防治：
①减少侵染来源：秋季清除病株的枯枝落叶，春季发病时摘除病芽、病叶，对病残体进行深埋处理。
②生长季节化学防治：生长季节一旦发病可采用下列药剂进行喷雾防治：1%石灰等量式波尔多液，70%甲基托布津1000倍液，65%代森锌500倍液，或50%氯硝胺1000倍液。每隔10天-15天喷1次，连续喷2次-3次。
③加强栽培管理：栽植密度要适度;雨后及时排水，株丛基部不要培湿土;重病区要实行轮作;栽植无病种苗，苗木可用65%代森锌300倍液浸泡10-15分钟。
2、叶斑病
叶斑病又叫褐斑病、红斑病，是牡丹常发生的世界性病害。常引起叶片早枯，影响牡丹的生长势。
防治：
① 11月上旬(立冬)前后，将地里的于叶扫净，集中烧掉，以消灭病原菌;
② 发病前(5月份)喷洒1：1：160倍的波尔多液，10一15天喷一次，直至7月底;
③ 发病初期，喷洒500-800倍的甲基托布津、多菌灵，7-10天喷一次，连续3-4次。
3、紫纹羽病
为真菌病害。由土壤传播。发病在根颈处及根部，以根颈处较为多见。受害处有紫色或白色棉絮状菌丝，初呈黄褐色，后为黑褐色，俗称"黑疙瘩头"。轻者形成点片状斑块，不生新根，枝条枯细，叶片发黄，鳞芽瘪小;重者整个根颈和很系腐烂，植株死亡。此病多在6-8月高温多雨季节发生，9月以后，随气温的降低和雨水的减少，病斑停止蔓延。
防治方法：
① 选排水良好的高燥地块栽植;
② 雨季及时中耕，降低土壤湿度;
③ 4-5年轮作一次;
④ 选育抗病品种;
⑤ 分栽时用 500倍五氯硝基苯药液涂于患处再栽植，也可用5%代森铵1000倍液浇其根部;⑥受害病株周围用石灰或硫磺消毒。
4、茵核病
又名茎腐病。病原为核盘菌。发病时在近地面茎上发生水渍状斑，逐渐扩展腐烂，出现白色棉状物。也可能浸染叶片及花蕾。
防治方法：选择排水良好的高燥地块栽植;发现病株及时挖掉并进行土壤消毒;4-5年轮作一次。
经常见的还有炭疽病、锈病。炭疽病在叶面上发生圆形或不规则形淡褐色凹陷病斑，扩展后边缘为紫褐色;锈病在叶背着生黄色孢子堆，引起叶片退绿，后期病叶上生柱状毛发物。防治方法同叶斑病。
5、黄叶病
牡丹缺磷时，植株生长缓慢矮小，瘦弱，叶小易脱落，色泽一般呈暗绿或灰绿色，缺乏光泽。先从茎基部老叶开始，逐渐向上部扩展。
缺镁、锰、硼、铜等微量元素叶片也会出现黄化、坏死、叶尖枯萎等症状，应结合喷药于花期后喷洒磷酸二氢钾及微肥以补充营养。牡丹发生病变，叶片也可呈现色泽深浅不匀、黄绿相间的斑驳，即“花叶”。这是病毒病最常见的症状，需加以区别。
牡丹栽培地多为多年重茬、连茬地，其中病菌很多，尤其是真菌中镰孢菌，造成牡丹根、茎基部腐烂，因而吸水、吸肥能力减弱，引起下部叶片逐渐向上变黄脱落或枯焦，而牡丹新梢顶心和新叶颜色仍属正常。这是牡丹干旱时根腐烂表现出的黄叶症状。
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