种子清选种子处理是实现花卉的工厂化育苗的关键性技术之一，清选是为清除种子中的夹杂物，如鳞片、果皮、果柄、枝叶、碎片、瘪粒、病粒、土粒、其它种类的种子等，以便于播种的顺利进行。一般少量种子可用手选。种子量比较多时可用风选、筛选和水选。
1、风选：适用于中小粒种子，利用风、簸箕或簸扬机净种。少量种子可用簸箕扬去杂物。
2、筛选：用不同大小孔径的筛子，将大于小于种子的夹杂物除去，再用其它方法将与种子大小等同的杂物除去。筛选可以清除一部分小粒的杂质，还可以用不同筛孔的筛子把不同大小的种粒分级。由于种子的大小不同种子的发芽出苗能力不同，幼苗的生长势也不同。种子分级播种，即把大小一致的种子分别播种，可保证花卉的幼苗发芽出苗整齐，生长势一致，便于管理。实践证明，在同一来源的种子中，种子粒越大越重者，幼苗越健壮，苗木的素质越好。将同级的种子进行播种，出苗的速度整齐一致，苗木的生长发育均匀，分化现象少。不合格率降低，对生产的意义很大。分级工作通常与净种同时进行，亦可采用风选、筛选及粒选方法等进行。
3、水选：一般使用于大而重的种子，如栎类、豆科植物的种子，利用水的浮力，使杂物及空瘪种子漂出，饱满的种子留于下面。水选一般用盐水或黄泥水。水的比重为1.1—1.25克/cm3，把漂浮在上面的瘪粒和杂质捞出。水选后可进行浸种。水选后不能曝晒，要荫干。水选的时间不宜过长。
二、种子消毒：种子消毒常用杀菌剂、杀虫剂、及杀菌与杀虫混剂处理等。其作用为：①防治系统性病害的传播流行②预防烂种和秧苗枯萎病③促进发芽④预防贮藏性病害⑤防治土传性病害等等。其目的在于提高种子发芽率，出苗整齐，促苗生长，缩短育苗期限，提高苗木的产量和质量。
1、物理消毒法：种子消毒的方法有物理法如日光曝晒、紫外光照射、温汤浸种等。日光曝晒仅适于哪些在日光曝晒下不易丧失发芽率的花卉种子。温汤浸种，在我国已有悠久的历史，北魏时期的贾思勰在他的《齐民要术》中就有用热水浸种稻谷的记载。Baker(1947)也提出用温汤浸种法防治园艺植物猝倒病，Winter（1994）也提及此法防治小麦病害。温汤浸种一般水温为40—45℃左右，浸种1天。该方法适于黑松、侧柏、苦楝、油松、落叶松等。
2、化学消毒法：为了防治种传病、虫害，化学消毒是十分必要的。目前用于花卉及林木浸种处理的化学药剂有：氰胍甲汞、醋酸甲氧乙汞、福尔马林、高锰酸钾、多菌灵、福美双、硫酸亚铁、硫酸铜、退菌特等。药剂浸种可以处理花卉林木的种子、球茎及根系等，防治种传、土传病害和系统性病害有良好的效果，该法的优点是无粉尘、药剂与种子的接触面广药效好。其不足为，药剂的蒸气有毒，需要专门的防毒面具和专用设备。
浸种后要把种子贮藏于密封的仓库或房间中24小时后才能播种，且浸种后需要干燥。
⑴硫酸铜，高锰酸钾溶液浸种:①0.31%硫酸铜浸种46小时；②0.5%高锰酸钾浸种2小时；③0.5%高锰酸钾浸种30分钟.。以上方法适于针叶树种和阔叶树种及多数园林植物的种子处理。
⑵甲醛浸种：0.15%甲醛，在播前1—2天浸种15分钟，取出种子密闭2小时，摊开荫干即可。注意甲醛对人有毒，使用时要注意防护。
⑶药剂拌种：①甲基托布津(别名为甲基硫菌灵):50%或70%的可湿性粉剂拌种，可防治苗期病害，如金盏菊、瓜叶菊、凤仙花、的白粉病；樱草灰霉病；兰花、万年青的炭疰病；鸡冠花褐斑病；百日草黑斑病等。注意：甲基托布津长期连续使用使用，病原菌会产生抗药性，降低防治效果，可以与其它药剂轮换使用，但不能与多菌灵轮换使用。拌种时可以用聚乙烯醇作粘着剂，用200倍液，用量为种子量的0.7%。②辛硫磷：防治地下害虫，可以用50%的乳油拌种，用种子量的0.1—0.15%。③五氯硝基苯混剂土壤施用或拌种:五氯硝基苯与敌克松按3：1的比例，在播种前施于土壤2—6g/m2，或敌克松用种子量的0.2—0.5%拌种，可防治立枯病(如松柏类，植物等)。④赛力散(过磷酸乙基汞)拌种：在播前20天进行，2g/kg种子，拌种后密封贮藏，20天后播种，有消毒和防护作用。适于针叶树种。⑤西力生(氯化乙基汞)拌种：用1—2g/kg种子，适于松柏类种子消毒，并且有促进发芽的作用。⑥其它如多菌灵、福美双等拌种：例如香雪兰种球在收获清理后要马上消毒，在贮藏前用30℃热处理10—15天，并且用50%的福美双粉剂1000倍液拌种球，也可以用50%苯来特1000倍液拌种球，晾干后贮藏。可以有效的防治镰刀菌产生的病害，如球茎腐烂病等。唐菖蒲种球消毒,则用50%多菌灵500倍液浸种球30分钟，再以50%福美双500倍液拌种球后播种栽植；或者用敌菌丹(1升水加480g1%敌菌丹胶悬剂)加腐霉利(1升水中加500g0.2%腐霉利)浸泡10分钟，要不断搅拌防治沉淀，影响药效。
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